Kakuzu nasceu na Vila Oculta da Cachoeira (Takigakure). Desde cedo, foi considerado um shinobi poderoso e talentoso. Recebeu a missão de assassinar Hashirama Senju, o Primeiro Hokage, mas falhou na tarefa. Por causa disso, foi punido e tratado como traidor em sua própria vila.
Revoltado com a punição injusta, Kakuzu massacrou os anciãos e líderes de Takigakure. Ele fugiu da vila levando consigo o segredo de sua técnica proibida, que lhe permitia prolongar a vida roubando os corações de outros ninjas.
Kakuzu dominava a técnica do Jiongu, que permitia costurar e integrar ao seu corpo os corações de inimigos mortos. Com isso, possuía múltiplas vidas e podia usar jutsus de várias naturezas elementares diferentes. Seu corpo era cheio de fios negros, que funcionavam como costuras vivas.
Graças ao seu poder e imortalidade parcial, Kakuzu foi recrutado pela Akatsuki. Lá, foi colocado em dupla com Hidan. Apesar de brigarem constantemente, formavam uma dupla mortal: Hidan, imortal e fanático, e Kakuzu, obcecado por dinheiro e colecionador de corações.
Kakuzu era extremamente ganancioso, movido por dinheiro e recompensas. Ele via seus inimigos apenas como meios de prolongar sua vida ou como prêmios de caça. Apesar disso, era frio, calculista e sempre buscava vantagem nas batalhas.
Kakuzu enfrentou Naruto, Kakashi, Shikamaru e outros ninjas de Konoha após a morte de Asuma. Durante a luta, foi surpreendido pelo Fūton: Rasenshuriken de Naruto, uma técnica mortal que destruiu seus múltiplos corações de dentro para fora. Sem chances de regeneração, Kakuzu foi finalmente derrotado e morto.
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