Nagato nasceu na Vila da Chuva (Amegakure), em meio às guerras. Seus pais foram mortos por ninjas de Konoha, o que marcou sua vida. Mais tarde, ele encontrou Yahiko e Konan, e juntos formaram um grupo que buscava a paz.
Os três foram treinados por Jiraiya, que acreditava que Nagato, com seu Rinnegan, poderia ser o “salvador do mundo”.
Yahiko morreu em uma armadilha armada por Hanzo da Salamandra e Danzo. A dor dessa perda transformou Nagato, que assumiu a identidade de Pain e passou a acreditar que a paz só viria através da dor.
Nagato, como Pain, assumiu o controle da Akatsuki. Ele usava o Seis Caminhos de Pain, controlando cadáveres com o Rinnegan. O objetivo era juntar as Bestas com Cauda para criar uma arma de destruição em massa e “forçar” a paz pelo medo.
Pain liderou uma invasão a Konoha em busca de Naruto (Jinchuuriki da Kyūbi). Ele destruiu a vila com o jutsu Shinra Tensei, mas acabou derrotado por Naruto.
Após o confronto, Naruto convenceu Nagato de que ainda era possível alcançar a paz de outra forma. Tocando pelas palavras de Naruto (herança de Jiraiya e Yahiko), ele se sacrificou para reviver todos que morreram durante o ataque a Konoha.
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